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Communications Biology volume 6, Article number: 517 (2023) Citer cet article

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Dermanyssus gallinae est un acarien hématophage qui parasite les oiseaux sauvages et les volailles d'élevage. Son traitement remarquablement rapide du sang, ainsi que sa capacité à se nourrir de sang pendant la plupart des stades de développement, font de cet acarien un ravageur très débilitant. Pour identifier les adaptations spécifiques à la digestion d'un régime riche en hémoglobine, nous avons construit et comparé des transcriptomes des stades affamés et nourris au sang du parasite et identifié des transcrits enrichis dans l'intestin moyen. Nous avons noté que les transcriptions de l'intestin moyen codant pour les protéases à cystéine étaient régulées positivement avec un repas de sang. En cartographiant l'appareil protéolytique complet, nous avons noté une réduction de la suite de protéases à cystéine, des homologues manquants pour les cathepsines B et C. Nous avons en outre identifié et analysé phylogénétiquement trois transcrits distincts codant pour les vitellogénines qui facilitent la capacité de reproduction des acariens. Nous avons également entièrement cartographié les transcrits pour la biosynthèse de l'hème et le système de stockage du fer et le trafic inter-tissus à base de ferritine. De plus, nous avons identifié des transcrits codant pour des protéines impliquées dans la signalisation immunitaire (voies Toll et IMD) et l'activité (défensines et protéines contenant des thioesters), l'ARNi et la canalisation des ions (avec des cibles pour les acaricides commerciaux tels que le Fluralaner, le Fipronil et l'Ivermectine). Les séquences virales ont été filtrées à partir des lectures Illumina et nous avons décrit, en partie, l'ARN-virome de D. gallinae avec l'identification d'un nouveau virus, le Red mite quaranjavirus 1.

Les acariens Dermanyssus sont des ectoparasites hématophages des oiseaux1. L'acarien rouge de la volaille (D. gallinae) est un ravageur mondial dans les poulaillers pour la production d'œufs domestique et commerciale intensive2,3,4, faisant partie d'un marché mondial important et en constante augmentation5. Les acariens D. gallinae ont un cycle de vie très court, passant du stade juvénile au stade adulte mature en une semaine. La nécessité de se nourrir de sang pendant la plupart des stades de développement et la dynamique de reproduction rapide font de D. gallinae un ravageur très irritant et gênant. Lors du gavage, les acariens D. gallinae peuvent transmettre plusieurs pathogènes animaux importants à leurs hôtes6, dont certains sont zoonotiques7. Bien qu'un grand nombre de virus et de bactéries aient été trouvés associés à D. gallinae, sa capacité à agir comme vecteur ou réservoir n'a été soutenue expérimentalement que pour quelques agents pathogènes8,9,10. Ceci est particulièrement alarmant pour la transmission de Salmonella spp.10, responsable de la salmonellose associée aux œufs et de la typhoïde aviaire11, ainsi que la propagation du virus de la grippe aviaire A12. D. gallinae a également été associé à plusieurs autres espèces bactériennes et virales, avec des preuves en attente de confirmation expérimentale de sa capacité vectorielle2,10,13,14.

Malgré la connaissance générale de l'impact global de l'infestation par les acariens sur le bien-être des poules pondeuses, notre compréhension des processus moléculaires permettant une alimentation sanguine rapide et répétitive, la digestion du sang, le développement et la reproduction reste limitée. Des études transcriptomiques antérieures ont décrit des transcriptomes de corps entiers d'acariens D. gallinae, principalement d'une manière spécifique au stade de développement ou au statut d'alimentation15,16,17,18. Pour approfondir nos connaissances, nous avons cherché à identifier des transcrits spécifiques à l'intestin moyen codant pour des protéines essentielles à la réussite de l'alimentation et de la digestion du sang. Pour y parvenir, nous avons comparé des transcriptomes nouvellement séquencés et assemblés, avec une sélection ultérieure de transcrits enrichis en acariens nourris au sang par rapport aux acariens non nourris, avec une expression claire spécifique à l'intestin. Une attention particulière a été accordée aux processus inhérents à la réussite des hématophages, notamment la digestion enzymatique des protéines sanguines de l'hôte, la biologie de l'hème et du fer, la vitellogenèse et l'immunité innée. Les données RNA-seq ont ensuite été vérifiées par RT-qPCR sur des ensembles d'ADNc préparés à partir de multiples répliques biologiques indépendantes. De plus, nous avons complété l'analyse des données RNA-seq avec plusieurs essais biologiques, dans lesquels des inhibiteurs à petites molécules ont été introduits dans l'acarien par alimentation membranaire ex vivo ou par microinjection dans son hémocèle afin de comprendre l'importance des molécules et des voies sélectionnées. De plus, les lectures Illumina d'origine virale ont été filtrées et utilisées pour un assemblage partiel du virome d'ARN d'acarien.

La composition du transcriptome de quatre stades de développement de trente individus d'acariens D. gallinae ou de leurs intestins micro-disséqués a été étudiée dans ce travail (Fig. 1a) par assemblage de novo de lectures d'ARN-seq Illumina. Plus précisément, nous avons construit cinq bibliothèques d'ARN-seq dérivées de corps entiers de protonymphes non nourris (UP, individus affamés) et de protonymphes nourris au sang (FP), c'est-à-dire le seul stade de développement qui compte à la fois des individus naïfs non nourris et nourris au sang, permettant l'évaluation de la régulation de la transcription en réponse à l'alimentation en sang de l'hôte (Fig. 1b). Ceux-ci ont été complétés par des deutonymphes et des adultes nourris, et des intestins moyens disséqués d'adultes nourris au sang (Fig. 1b). Pour chaque bibliothèque,> 54 M lectures avec des scores Phred de Q30 ≥ 93, 90% ont été obtenues, et celles-ci ont été assemblées en 85 117 contigs (tableau supplémentaire S1). Suite à leur annotation, les contaminants bactériens ont été éliminés (tableau supplémentaire S2). Comme les acariens D. gallinae ont été nourris avec du sang de poulet, composé de globules blancs et rouges nucléés, 4% des lectures totales étaient d'origine poulet, dont (79%) ont été trouvées, comme prévu, dans le transcriptome de l'intestin moyen (Fig. S1 supplémentaire ). Les séquences de poulet identifiées ont été filtrées et exclues des analyses suivantes. Un total de 18 101 contigs spécifiques à D. gallinae ont été déposés sur le serveur NCBI en tant que BioProject PRJNA597301 et Transcriptome Shotgun Assembly (TSA) GIFZ00000000 et sont accessibles via NCBI BLAST de la base de données TSA. Les contigs sont également répertoriés dans une feuille Excel hyperliée (voir "Disponibilité des données") avec les caractéristiques protéiques prédites codées disponibles, les annotations des contigs assemblés selon une base de données particulière, les statistiques d'expression différentielle et les processus cellulaires prédits. Pour évaluer l'exhaustivité du transcriptome, nous avons effectué une analyse BUSCO du protéome, dont le résultat a montré un rendement de 91,8 % de BUSCO complets. La carte thermique générée à partir des contigs spécifiques de D. gallinae a clairement indiqué les différences entre les transcriptomes des stades immatures et adultes et a également mis en évidence les différences dans l'abondance des transcrits chez les acariens nourris au sang par rapport aux acariens non nourris (Fig. S1 supplémentaire).

a Illustration schématique du flux de travail expérimental entrepris dans ce travail. b Illustration photomicrographique d'individus représentatifs triés par stade de développement.

Pour identifier les transcrits associés à l'alimentation sanguine, nous avons comparé les transcriptomes de l'alimentation sanguine et de l'UP (Fig. 2a), qui se sont développés à partir de larves non nourrissantes, c'est-à-dire un stade de développement qui n'est pas encore entré en contact avec le sang. Pour identifier les transcrits qui codent pour les protéines clés de l'alimentation sanguine des acariens, nous avons filtré les transcrits qui étaient au moins 16 fois plus abondants dans le sang-FP que dans l'UP. Celles-ci totalisaient 906 transcriptions (Fig. 2a). Ces transcrits ont été encore enrichis pour ceux ayant au moins une valeur FPKM de 1 dans la bibliothèque transcriptomique de l'intestin moyen. De cette manière, nous avons identifié 264 transcrits (Fig. 2a), qui, selon nous, codent pour des protéines associées à l'alimentation sanguine. L'ontologie des gènes indique un enrichissement de la signalisation, de la régulation nucléaire de l'expression et de la protéostase, la matrice extracellulaire et la signalisation comprenant les transcrits les plus abondants (Fig. 2b). Parmi les transcrits les plus différentiellement exprimés (DET) figurent la métallocarboxypeptidase sécrétée (protéase M14), les protéases à cystéine (cathepsine L5 et Legumain 4), la protéase à sérine (Stubble) et les glycoprotéines structurelles extracellulaires, telles que la protéine cuticule, la mucine et les péritrophines (Fig. 2c). Pour rendre les valeurs d'expression du transcrit FPKM propices à une comparaison quantitative statistiquement significative, les transcriptomes ont été validés par PCR quantitative en temps réel (RT-qPCR) à partir de modèles indépendants d'au moins quatre réplicats biologiques (voir ci-dessous). L'analyse RT-qPCR a confirmé la régulation de l'alimentation sanguine, la plupart des transcrits étant significativement régulés à la hausse chez les acariens nourris au sang par rapport aux acariens non nourris (Fig. 2c '). Pour mieux comprendre les processus spécifiques à l'intestin moyen, nous avons sélectionné des transcrits d'intestin moyen exprimés de manière différentielle affichant un changement de pli dans les valeurs FPKM d'expression de l'intestin moyen sur des corps entiers adultes. Les transcrits avec l'expression spécifique de l'intestin moyen la plus profonde sont ceux codant pour les protéases, la ferritine 2 (protéine liant le fer), la ferrochélatase (une enzyme terminale de la biosynthèse de l'hème) et la lipoglycoprotéine transportant l'hémolymphe (Fig. 2d). Ces DET ont de nouveau été confirmés par RT-qPCR indépendante (Fig. 2d '). Ces données soulignent que la digestion protéolytique et l'homéostasie des métaux (métallostase) sont essentielles au succès de l'alimentation sanguine des acariens D. gallinae.

a Les diagrammes de Venn montrent un chevauchement de composition avec des transcrits enrichis en protonymphes nourris> 16 × valeurs FPKM par rapport aux protonymphes non nourris et avec des transcrits de FPKM ≥ 1 dans l'intestin moyen. b Le graphique à barres montre les classes de protéines codées par des transcrits individuels enrichis par l'alimentation sanguine. Les transcrits ont été triés selon la classe de protéines codées. Le nombre de transcrits de chaque sous-classe et leurs valeurs FPKM sont affichés. c Le tableau montre les meilleurs transcrits exprimés de manière différentielle (DET) enrichis,> 16 × valeurs FPKM, dans les transcriptomes de protonymphes nourris au sang (FP) par rapport aux transcriptomes de protonymphes non nourris (UP). Les identifiants d'accession individuels sont disponibles dans le tableau supplémentaire S3. c' Validation RT-qPCR des DET identifiés par les données ARN-seq présentées dans le panneau (c). Les données ont été obtenues à partir d'ensembles d'ADNc synthétisés à partir de trois isolats d'ARN indépendants d'acariens non nourris et nourris au sang (n = 3) et normalisés au facteur d'élongation 1 (ef1α). Les moyennes et les SEM sont indiqués. d Le tableau montre les DET enrichis en transcriptomes de l'intestin moyen sur les transcriptomes de corps entiers, avec des filtres appliqués : Eval < e−60, couverture ≥ 90 %, FPKMAdults ≥ 2. Les identifiants d'accession individuels sont disponibles dans le tableau supplémentaire S4. d' Validation RT-qPCR des DET identifiés par les données RNA-seq présentées dans le panneau (d). Les données ont été obtenues à partir d'ensembles d'ADNc synthétisés à partir d'au moins quatre isolats d'ARN indépendants de femelles adultes et d'intestins micro-disséqués de femelles adultes (n ≥ 4) et normalisés à ef1α. Les moyennes et les SEM sont indiqués. Analyses du test t : *p = 0,05–0,01 ; **p = 0,01–0,001 ; ***p = 0,0008 ; ****p < 0,0001 ; ns non significatif. Pour les données sources derrière les graphiques, voir Données supplémentaires S1.

Les protéases de l'intestin moyen représentent clairement une suite enzymatique majeure qui permet un traitement rapide du sang. Pour divulguer un répertoire complet du système protéolytique digestif de D. gallinae, nous avons extrait les bibliothèques transcriptomiques et identifié les transcrits codant pour les protéases de clans et de familles de protéases individuelles. Les protéases à cystéine (principalement la famille des papaïnes) se sont révélées être codées par la majorité des lectures de l'intestin moyen identifiées, représentant environ 62 % de toutes les lectures codant pour les protéases (Fig. S2 supplémentaire). Parmi les 10 protéases à cystéine identifiées, six ont codé des molécules de type cathepsine-L (clan CA, famille C1) et quatre ont codé des légumineuses (asparaginyl endopeptidases ; clan CD, famille C13) (Fig. 3a, b). La cathepsine L5 et la Legumain 4 étaient fortement régulées à la hausse par l'alimentation sanguine et semblaient être principalement exprimées dans l'intestin moyen de D. gallinae adulte, indiquant leur implication directe dans la digestion du sang de l'hôte dans l'intestin moyen de l'acarien. Trois aspartyl protéases (AP) de type cathepsine-D (clan AA, A1 famille A1) ont été identifiées, avec un profil d'expression enrichi dans l'intestin moyen (Fig. 3b). Fait intéressant, aucun homologue des cathepsines B et C (dipeptidyl peptidase I), protéases clés de type papaïne, qui participent à la digestion du sang chez les tiques et autres parasites hématophages19,20, n'a été identifié dans les transcriptomes de D. gallinae (Fig. 3a). Leur absence semble être un trait commun chez les acariens mésostigmats (Fig. 3a), indiquant une émergence d'une alimentation sanguine chez les acariens D. gallinae sur le fond moléculaire d'un répertoire enzymatique dépourvu de cathepsine B et C, c'est-à-dire d'enzymes initialement supposées être indispensable à la digestion du sang chez les espèces parasites21.

a Identification des homologues de la protéase digestive dans le transcriptome de Dermanyssus gallinae (Dg) (mis en évidence par un rectangle en pointillés rouges) et des représentants des chélicères ; Lp, Limulus polyphème ; Pt, Parasteatoda tepidariorum (un représentant d'Araneae); Tu, Tetranychus urticae ; Ss, Sarcoptes scabiei ; Est, Ixodes scapularis ; Rm, Rhipicephalus microplus ; Mo, Metaseiulus occidentalis ; Vd, Varroa destructeur ; NC, Neoseiulus cucumeris. Les rectangles verts indiquent la présence et les rectangles blancs indiquent l'absence d'identification d'homologue avec des valeurs seuil E fixées à ≥1e-30. Les détails des configurations et des résultats de la recherche Blast sont présentés dans la Fig. S2 supplémentaire. b Une liste de protéases sélectionnées et de valeurs d'expression (FPKM) de leurs transcrits d'ARNm dans des bibliothèques dérivées de stades de développement individuels de D. gallinae. Les identifiants d'accession individuels sont disponibles dans le tableau supplémentaire S5. UP protonymphes à jeun, FP protonymphes nourris, FD nourris de deutonymphes, WB corps entiers. La variance d'expression pour chaque transcrit est indiquée par des couleurs allant de faible (bleu) à élevé (rouge).

En plus d'être riche en protéines, le sang de l'hôte est également une riche source de fer héminique et non héminique. L'expression spécifique de l'intestin moyen de transcrits codant pour des protéines impliquées dans la biologie de l'hème ou du fer, par exemple la ferrochélatase, la ferritine 2 (Fig. 2d, d '), confirme leur importance pour le maintien de la métallostase dans l'intestin moyen des acariens D. gallinae. Contrairement aux tiques, qui ne peuvent pas synthétiser l'hème de novo et doivent prélever l'hème à partir de l'hémoglobine sanguine de l'hôte22, les acariens D. gallinae ont clairement montré la capacité de synthétiser l'hème de novo. Nous avons identifié des transcrits codant pour un profil enzymatique complet pour la biosynthèse de l'hème, y compris le transcrit de ferrochélatase enrichi dans l'intestin moyen (Fig. 4a). Pour démontrer davantage l'activité de cette voie, nous avons identifié dans des homogénats de stades non nourris de D. gallinae, des produits intermédiaires stables de la biosynthèse de l'hème, soit par des normes (Fig. 4b), soit par une détermination précise de la masse (coproporphyrinogène III; Fig. S3a). Le produit final de la voie, l'hème b, a été identifié par comparaison avec l'hémine standard, avec [M + 2] + comme ion diagnostique dans son spectre de masse (Fig. S3b supplémentaire), indiquant une voie de biosynthèse de l'hème pleinement active (Fig. .4c). De plus, les acariens D. gallinae produisent des œufs incolores dépourvus de dépôts d'hème maternel (Fig. 4d), favorisant le concept de biosynthèse active de l'hème par rapport à la distribution somatique et au dépôt d'hème alimentaire tel qu'opéré chez les tiques22. Cela fournit une autre couche de preuves d'une différence dans la biologie de l'hème des tiques23 et des acariens D. gallinae, bien que les deux soient des hématophages obligatoires phylogénétiquement liés.

un tableau des protéines participant à l'homéostasie de l'hème (à gauche) ou du fer (à droite), ainsi que leurs valeurs d'expression (FPKM) de leurs transcrits d'ARNm dans des bibliothèques dérivées de stades de développement individuels de Dermanyssus gallinae. Les numéros d'accession sont disponibles dans le tableau supplémentaire S6. UP protonymphes non nourris, FP nourris protonymphes, FD nourris deutonymphes. hélas, la 5-aminolévulinate synthase ; pbgs, porphobilinogène synthase; hmbs, hydroxyméthylbilane synthase; uros, uroporphyrinogène synthase; urod, uroporphyrinogène décarboxylase; cpox, coproporphyrinogène oxydase; ppox, protoporphyrinogène oxydase; fech, ferrochélatase; ho, hème oxygénase ; fer, ferritine; tf, transferrine; irp, protéine sensible au fer. b L'analyse LC/MS des précurseurs de Haem b dans les stades naïfs non nourris de D. gallinae. Les chromatogrammes reconstruits pour les échantillons de D. gallinae sont affichés en haut, avec les chromatogrammes reconstruits pour leurs normes analytiques ci-dessous. c Un schéma de la biosynthèse de l'hème, qui identifie (cercles pleins) les transcrits et les métabolites de la voie. Acide ALA δ-aminolévulinique, porphobilinogène PBG, hydroxyméthylbilane HMB, uroporphyrinogène URO, coproporphyrinogène CPP, protoporphyrine PP. d Une image photographique d'œufs d'acariens D. gallinae et de tiques Ixodes ricinus ; noter la différence de couleur, indiquant l'absence/présence de dépôts d'hème maternel.

Comme les tiques et autres acariens22, les acariens D. gallinae ne codent pas pour l'hème oxygénase (Fig. 4a), une enzyme de clivage de l'hème qui libère le fer biodisponible de l'anneau de porphyrine. Le fer alimentaire acquis doit donc être d'origine non héminique. Lors de l'absorption, le fer est séquestré par des liants de fer intracellulaires. Nous avons identifié deux transcrits de D. gallinae codant pour de grands complexes de ferritine liant le fer. Le transcrit de la ferritine 1 (fer1) possède un élément conservé sensible au fer dans la région 5'UTR (Fig. S4 supplémentaire), suggérant que sa régulation post-traductionnelle dépend de la biodisponibilité du fer. De plus, nous avons identifié un deuxième transcrit de ferritine (fer2) codant pour la protéine de ferritine avec un peptide signal prédit (DeepLoc : 0,77) à l'extrémité N-terminale (Fig. S4 supplémentaire), indiquant son rôle dans le trafic inter-tissulaire du fer. Un seul homologue des transferrines d'insectes de type 2 (mélanotransferrines) a été identifié dans le transcriptome de D. gallinae (Fig. 4a).

Nous avons identifié 7252 séquences codantes (65, 2%) partagées à travers les stades de développement (Fig. 5a), et celles-ci représentent le noyau transcriptomique des acariens D. gallinae. En effet, les stades immatures (protonymphes et deutonymphes) partageaient plus de transcriptions entre eux que n'importe lequel des stades immatures avec les adultes (Fig. 5a). Chaque étape exprimait 4, 4 à 5, 5% de transcrits idiosyncratiques uniques (Fig. 5a). Les bibliothèques d'acariens adultes étaient caractérisées par des transcrits très abondants codant pour des protéines qui participent au maintien de l'énergie (arginine kinase) et au stockage / distribution des nutriments (vitellogénines et récepteur de la vitellogénine; Fig. 5b). En utilisant les séquences primaires protéiques de I. ricinus vitellogénine 1 et 2 comme requêtes tBlastN, nous avons identifié, au sein du transcriptome adulte de D. gallinae, deux transcrits de vitellogénine codant pour les homologues des vitellogénines de tique22, mais également un transcrit supplémentaire de vitellogénine (vitellogénine 1-like). Les trois transcrits affichaient clairement des niveaux accrus dans les transcriptomes des acariens adultes, avec pratiquement aucun ARNm présent dans les transcriptomes des stades juvéniles (Fig. 5b, b '). Le transcrit supplémentaire codant pour la vitellogénine distincte semble être unique pour les acariens Dermanyssoidea et est désigné ici comme Vg1-like (Fig. 5c, Tableau supplémentaire S8). L'analyse phylogénétique des vitellogénines d'arthropodes a produit plusieurs clades de vitellogénines reflétant leur groupe taxonomique d'arthropodes, c'est-à-dire des tiques et des acariens parasitiformes, des acariens acariformes, des araignées, des scorpions, des limules, des insectes et des crustacés (Fig. 5c). Les acariens se divisent en deux clades bien soutenus contenant des homologues des Parasitiformes (ML/BI = 95/1,00) et des Acariformes (ML/BI = 84/0,98). Séquences parasitaires regroupées dans les lignées Vg1 et Vg2 bien supportées (ML/BI = 100/1,00), chacune comprenant deux tiques et deux à trois homologues d'acariens. L'acarien D. gallinae Vg1 (transcription IrSigP-350331_FR2_207-2055, Protein ID : MBD2876257.1), Vg1-like (transcription IrSigP-349783_FR3_1-1870, Protein ID : MBD2876000.1) et Vg2 (Dg-9795_FR3_189-2089 , Protéine ID: MBD2876256.1) regroupés avec leurs orthologues de vitellogénine d'acariens respectifs dans les lignées Vg correspondantes (Fig. 5c).

a Les diagrammes de Venn montrent les idiosyncrasies transcriptomiques spécifiques à l'étape ainsi que le noyau transcriptomique partagé à travers l'ontogenèse. b Le tableau montre les meilleurs transcrits enrichis en transcriptomes d'acariens adultes. Celles-ci ont été filtrées par des valeurs > 16 × FPKM dans le transcriptome des adultes par rapport aux transcriptomes des deux stades juvéniles d'acariens, des protonymphes et des deutonymphes ; et valeur E < e−80 ; les identifiants de protéines sont disponibles dans le tableau supplémentaire S7. b 'Validation RT-qPCR des DET identifiés par les données ARN-seq présentées dans le panneau (b). Les données ont été obtenues à partir d'ensembles d'ADNc synthétisés à partir de trois isolats d'ARN indépendants d'acariens adultes et juvéniles (n = 3) et normalisés au facteur d'élongation 1 (ef1α). Les moyennes et les SEM sont indiqués. Pour les données sources derrière le graphique, voir Données supplémentaires S1. FP a nourri des protonymphes, FD a nourri des deutonymphes. c Phylogénie à vraisemblance maximale de 94 séquences d'acides aminés de vitellogénine d'arthropode montrant le positionnement de trois homologues de vitellogénine de D. gallinae dans les lignées Vg1 et Vg2. Les vitellogénines de crustacés ont été utilisées comme groupe externe. Les supports nodaux aux nœuds principaux sont représentés respectivement par les valeurs bootstrap du maximum de vraisemblance et les probabilités a posteriori d'inférence bayésienne. Pour simplifier, les homologues des taxons non parasitiformes ont été regroupés en triangles ; les nombres à l'intérieur du triangle indiquent le nombre de séquences incluses dans chaque clade. Pour les numéros d'accès GenBank, voir le tableau supplémentaire S8.

Pour évaluer si les acariens D. gallinae transmettent le statut alimentaire via une cascade de transduction médiée par TOR, en utilisant des homologues de Caenorhabditis comme séquences de requête24, nous avons extrait nos transcriptomes et identifié l'expression du système complexe TOR et la signalisation insuline/IGF25 exprimée à travers les stades de développement ( Figure supplémentaire S5a). Nous avons en outre évalué l'impact de la signalisation médiée par TOR sur la viabilité post-alimentation des acariens, à l'aide d'un système d'alimentation membranaire ex vivo, en nourrissant des acariens D. gallinae adultes avec du sang de poulet additionné de Torin2, un inhibiteur des complexes TOR. Les données résultantes montrent que Torin2 a provoqué une nette létalité post-alimentation dépendante de la dose à forte dose d'inhibiteur (Fig. S5b supplémentaire), indiquant une activité post-alimentation possible de cette voie chez les acariens adultes.

La majorité des acaricides disponibles dans le commerce, ainsi que des insecticides, ciblent le système nerveux des invertébrés, généralement par interaction avec un site allostérique de récepteurs ionotropes, également appelés canaux ioniques ligand-dépendants (LGIC)28. Les membres de cette famille ont un degré élevé de similitude de séquence primaire, formant un site de liaison de ligand pour les molécules de neurotransmetteur et un pore conducteur d'ions. Les LGIC peuvent être classés en quatre grandes familles29, dont l'une comporte une série de cibles acaricides/insecticides validées, à savoir la famille cys-loop pentamérique, qui partage un motif très caractéristique, une boucle cys de 15 aa dans la protéine N-terminale30, 31. Les récepteurs cys-loop (cysLGIC) sont à la fois perméables aux cations, tels que les récepteurs nicotiniques de l'acétylcholine (nAChR)32, les récepteurs de la sérotonine, et également les récepteurs qui conduisent les anions, tels que les canaux ioniques activés par l'acide γ-amino butyrique (GABA)33, la glycine récepteurs et canaux chlorure activés par le glutamate (GluCls), l'histamine34,35 ou le zinc36. Les deux derniers, les canaux chlorure dépendants de l'histamine et du zinc, n'ont pas été identifiés dans le transcriptome de D. gallinae (Données supplémentaires S2). Contrairement à certains canaux ioniques pentamériques ligand-dépendants, les homologues des récepteurs RDL (résistance à la dieldrine)-GABA28 et GluCl sont uniques aux invertébrés37. Le RDL-GABA et les GluCl peuvent être ciblés par des modulateurs négatifs, tels que le fipronil, ou des modulateurs positifs, tels que l'ivermectine38. Nous avons extrait notre transcriptome (valeur E < e−10, en utilisant Pediculus sp.39 et Tetranychus sp.40 comme requêtes) et reconstruit un arbre phylogénétique des récepteurs de la boucle cys, après avoir identifié 29 membres codant pour la transcription de la boucle cys famille (Fig. 6a). Les transcrits de D. gallinae se sont regroupés avec leurs homologues respectifs d'arthropodes et de vertébrés en neuf clades et dans un clade supplémentaire qui unissait exclusivement les protéines de type canal chlorure glutamate-dépendantes spécifiques aux acariens. En examinant le rapport intestin moyen / corps entier, nous avons filtré quatre autres transcrits avec une présence enrichie de transcrits d'ARNm dans l'intestin moyen (Fig. 6b), un codant pour la protéine du canal chlorure sensible au pH et trois codant pour des protéines de type canal chlorure spécifiques à Acari. . Nous avons ensuite identifié quatre transcrits codant pour GluCl, dont deux affichaient une expression spécifique à l'intestin moyen (Fig. 6c), mais tous les transcrits partageant un noyau de GluCl avec la région Cys-Loop et principalement quatre domaines transmembranaires (Fig. S6 supplémentaire). L'analyse de la séquence d'acides aminés des GluCl a démontré la conservation de la plupart des résidus d'acides aminés nécessaires à l'association de l'ivermectine avec le canal alpha GluCl de C. elegans41 (Fig. S6 supplémentaire). L'assemblage des quatre homologues de GluCl a été pris en charge par plusieurs lectures, à l'exception de l'extrémité C-terminale codée du transcrit IrSigP-571488, qui est composé de lectures attribuées de manière unique (Fig. S7 supplémentaire). Pour confirmer la sensibilité des acariens D. gallinae aux acaricides ciblant le ou les canaux GluCl, comme illustré par le fipronil, l'ivermectine et le fluralaner, nous avons déterminé expérimentalement la survie dose-dépendante après microinjection des composés respectifs dans des acariens adultes (Fig. 6c ') . Alors que l'ivermectine et le fluralaner ont provoqué des effets létaux clairs en quelques jours lors de la microinjection d'une solution à 10 µM, le fipronil n'a causé qu'une létalité négligeable même lorsqu'il était injecté à 100 µM (Fig. 6c ').

a Arbre phylogénétique à vraisemblance maximale des séquences protéiques de la sous-unité cysLGIC des arthropodes et des vertébrés. Les supports d'amorçage supérieurs à 50 % sont affichés aux nœuds principaux. Dermanyssus gallinae : Dg et IrSig (indiqués en rouge), Tetranychus urticae : Tu, Drosophila melanogaster (D ou autre), Apis mellifera (Amel), Tribolium castaneum (Tcas), Homo sapiens (Hs), Danio rerio (Dr), Bos taurus (Bt), Equus caballus (Ec), Sus scrofa (Ss) et Gallus gallus (Gg). Pour les numéros d'accession, voir les données supplémentaires S1. b Valeurs FPKM des canaux chlorure (Cls) individuels spécifiques aux acariens (Ac) et dépendants du pH (pH) et leur rapport intestin moyen / corps entier (WB) des acariens adultes. UP protonymphes non nourris, FP nourris protonymphes, FD nourris deutonymphes. c Valeurs FPKM des GluCl individuels et leur rapport intestin moyen/corps entier des acariens adultes. c' Essais de viabilité dose-dépendants après microinjection d'agonistes de GluCls dissous dans du DMSO et dilués à 1 % du solvant. Chaque point de données représente une moyenne et SEM de n = 24 ou 25 acariens par concentration testée. Pour les données sources derrière les graphiques, voir Données supplémentaires S1.

L'immunité innée est hautement conservée chez les métazoaires, couvrant à la fois les vertébrés et les invertébrés42. La partie humorale de l'immunité des invertébrés comprend la détection du non-soi microbien, qui est suivie par la transduction du signal, principalement par les voies de signalisation Toll et Imd qui fonctionnent, dans une certaine mesure, indépendamment43. Dans notre travail, nous avons extrait le transcriptome de D. gallinae et reconstruit une voie Toll complète, suggérant une fonctionnalité complète chez D. gallinae (Fig. 7a). Les seuls composants manquants étaient les protéines de liaison aux bactéries Gram-négatives (GNBP) et le facteur de transcription DIF. Les protéines de reconnaissance des peptidoglycanes (PGRP) étaient présentes dans deux variantes différentes avec une classification incertaine. Neuf protéines Spätzle et huit récepteurs Toll ont été identifiés. La voie Imd a été considérablement réduite, car la plupart des composants manquaient, y compris IMD et Relish. Les défensines sont probablement les peptides antimicrobiens de 3 à 5 kDa les plus répandus, largement distribués dans les règnes animal et végétal44 et sont des molécules effectrices régulées à la fois par les voies Toll et IMD45. Nous avons recherché des molécules de type défensine dans le transcriptome de D. gallinae en utilisant les données du génome de la tique Ixodes scapularis qui code plusieurs molécules liées à la défensine, divisées en deux grandes familles : (i) les scapularisines, structurellement apparentées à l'ancienne défensine de type invertébré et (ii) les scasines, qui ne sont que lointainement apparentées aux défensines canoniques46. Bien que nous n'ayons trouvé aucun transcrit lié à la scasine I. scapularis (Gen Bank EEC18782), nous avons identifié plusieurs molécules de type défensine liées aux scapularisines avec la plus grande homologie affichée avec la scapularisine-6 ​​(GenBank EEC08935) annotée comme défensine-2 dans le génome de I. scapularis (VectorBase ISCW005928). Les séquences de huit transcrits de D. gallinae codant pour des défensines putatives alignées avec la scapularisine-6 ​​(Fig. 7b) ont révélé que les défensines de D. gallinae pouvaient être divisées en deux types principaux : (i) les défensines de type I dépourvues du motif canonique de clivage de la furine (RVRR)47 et (ii) les défensines de type II ayant le site furine conservé. Sur la base des valeurs FPKM, les défensines de type I semblent être beaucoup plus exprimées à tous les stades (Fig. 7b).

a Les séquences protéiques des voies Drosophila ou Tribolium Toll et Imd ont été utilisées pour rechercher dans notre base de données de protéines traduites de D. gallinae (Local BLAST, E-value 0,1, Matrix BLOSUM62). La conservation des domaines a été vérifiée par CD-search (NCBI). Seules les séquences homologues avec des structures de domaine similaires et une valeur E < 10e-3 ont été considérées comme des homologues putatifs. Les numéros d'accession sont disponibles dans le tableau supplémentaire S9. b Alignement de séquences multiples des défensines matures identifiées de D. gallinae, homologie avec la tique Ixodes scapularis scapularisin-6 (GenBank EEC08935) et valeurs d'expression (FPKM) des transcrits de défensine dans les bibliothèques dérivées des stades de développement individuels de D. gallinae. Les résidus d'acides aminés du site de clivage Furin sont indiqués en lettres rouges. UP protonymphes non nourris, FP nourris protonymphes, FD nourris deutonymphes.

Le rôle principal dans l'immunité innée cellulaire et humorale des vertébrés, ainsi que des organismes métazoaires invertébrés, est joué par le système complexe du complément48. Les molécules effectrices centrales des systèmes du complément des vertébrés et des invertébrés sont des protéines appartenant à la famille des protéines contenant des thioesters (TEP), anciennement appelées protéines de la superfamille des α2-macroglobulines48,49,50. Chez les invertébrés, la famille TEP est formée de jusqu'à quatre groupes majeurs phylogénétiquement distincts comprenant des inhibiteurs de pan-protéase de type α2-macroglobuline (α2M), des composants du complément de type C3 (C3), des TEP de type insecte (iTEP) et de la macroglobuline. - liés au complément (MCR)51,52,53.

Ici, nous avons examiné le transcriptome de D. gallinae avec des séquences complètes de neuf membres bien annotés de la famille I. ricinus TEP représentant les quatre groupes d'invertébrés TEP52,54. L'extraction de BlastP et les analyses phylogénétiques suivantes avec d'autres représentants sélectionnés de TEP d'invertébrés ont révélé que D. gallinae n'exprimait qu'une seule molécule d'α2-macroglobuline, qui était codée par au moins cinq variantes d'épissage (DgA2M (sv1–5) (Fig. S8 supplémentaire ) dans la « région d'appât » sensible aux protéases. En outre, le transcriptome de D. gallinae contenait une molécule appartenant clairement au TEP de type insecte (DgTEP), une molécule de type complément C3 (DgC3) et trois molécules appartenant au groupe des protéines liées au complément de macroglobuline (DgMCR-1,2,3) (Fig. S8 supplémentaire).DgMCR-3 semble être phylogénétiquement assez éloigné des deux autres, DgMCR-1 et DgMCR-2, mais son appartenance à les MCR sont soutenus par son positionnement phylogénétique stable à l'intérieur du clade MCR et par la présence du domaine du récepteur des lipoprotéines de basse densité dans la partie centrale de la molécule 52, 54. Pris ensemble, D. gallinae possède des représentants de tous les principaux groupes de TEP d'invertébrés , dont la plupart présentent des différences substantielles dans leur modèle d'expression (Fig. S8 supplémentaire).

Les arthropodes55, comme les organismes supérieurs56, sont armés d'un mécanisme d'immunité antivirale basé sur l'ARN appelé interférence ARN (ARNi). Cette voie est fonctionnelle contre les virus à ARN et à ADN chez les insectes57,58. Les prédictions in silico et la validation expérimentale soutiennent la présence d'une voie ARNi fonctionnelle chez D. gallinae59. Nous avons confirmé (Fig. S9 supplémentaire) l'analyse in silico59 et identifié la plupart des transcrits codant pour les composants protéiques de l'ARNi, à l'exception d'un homologue R2D2 (Eval cut off < 0,00001 ; requête Drosophila R2D2 : NP_001285720.1). R2D2, une protéine de liaison à l'ARNdb, serait essentielle pour le chargement des siARN dans les complexes effecteurs Ago-RISC60. Ceci est conforme à une analyse phylogénétique complète qui a déterminé l'existence d'homologues R2D2 uniquement dans les ordres d'insectes ailés (Pterygota) mais leur absence chez les arthropodes non-insectes (tiques, acariens, crustacés)61.

Dans le cadre de notre objectif de caractériser le composant ARN complet de D. gallinae, nous avons orienté notre recherche en utilisant un pipeline standard de découverte de virus d'arthropodes pour détecter des séquences potentielles de type viral dans nos échantillons d'ARN-seq d'acariens rouges. La présence de séquences virales dans les bibliothèques d'UP (non exposées au sang de l'hôte) ou d'intestins moyens disséqués (tissu intérieur disséqué) a démontré un véritable virome de D. gallinae, composé du virus de type picorna de l'acarien rouge, du densovirus de l'acarien rouge, de l'acarien virga- comme le virus, le cyclovirus associé à l'acarien rouge, l'hypovirus associé à l'acarien rouge et le cystovirus associé à l'acarien rouge (Fig. 8a). De plus, plusieurs transcrits putatifs ont été identifiés avec une homologie significative avec les protéines virales, comme celui d'un transcrit de 1,5 kb ressemblant à la protéine hémagglutinine (HA) du virus Wellfleet Bay (WFBV, 33,85 % d'identité, valeur E 9e−96) ( figure 8a). Dans des recherches tblastN supplémentaires utilisant toutes les protéines de quaranjavirus disponibles comme requêtes, nous avons détecté quatre autres transcrits ressemblant à tous les segments typiques du génome central des orthomyxovirus. Cela comprenait une séquence homologue à un transcrit de 1, 8 kb de la nucléoprotéine (NP) du quaranjavirus Quaranfil (QRFV, identité 30, 20%, valeur E 6e-57). Outre ces protéines structurales, nous avons trouvé trois transcrits allant de 2,4 kb à 2,5 kb avec les meilleures correspondances avec les protéines multipartites de la sous-unité de l'ARN polymérase dépendante de l'ARN PB1 (virus Tjuloc, identité 50 %, valeur E 0), PB2 (QRFV, identité 28,90 %, E-value 9e−94) et PA (virus Tjuloc, identité 50%, E-value 0). Ces transcriptions ont été polies et conservées à l'aide des lectures filtrées de chaque bibliothèque pour générer des séquences consensus de chaque segment du génome, soutenues par une couverture moyenne allant de 13,5 × à 47,5 ×. Les segments de génome putatifs de la taille attendue ont été en outre annotés et, comme prévu, chacun présentait un seul ORF dans son brin d'ARN + complémentaire codant pour les protéines structurelles et fonctionnelles d'un quaranjavirus typique, flanqué de régions non traduites (Fig. 8b). Les protéines traduites de la sous-unité polymérase PB1, PB2 et PA présentent les domaines conservés Flu_PB1 (pfam00602, valeur E 3,62e-60), Flu_PB2 (5D98_F, valeur E 8,2e-121) et Flu_PA (4WRT_A, valeur E 4,9e −97), respectivement. Le NP a montré un domaine Flu_NP (3TJ0_B, E-value 7.5e-81), et la protéine HA de surface putative abritait un domaine typique de glycoprotéine d'enveloppe de Baculovirus gp64 (Bac_gp64, E-value 4.64e-48), un peptide signal (SP) à l'extrémité N pour le passage transmembranaire et un domaine C terminal. Nous avons ensuite étudié les diverses bibliothèques de D. gallinae pour évaluer la présence de ces segments de génome qui ont été détectés dans toutes les bibliothèques suivant des modèles d'expression symétriques, basés sur des FPKM et soutenant la possibilité que les segments correspondent au même virus (Fig. 8a). Comme prévu, les valeurs d'expression des segments structuraux étaient plus élevées que celles non structurelles dans chaque bibliothèque, ce qui est une preuve indirecte d'une infection active (Fig. 8a). Sur la base de ces données génomiques, de la distance génétique, des annotations fonctionnelles et structurelles et des profils d'expression, nous suggérons que ces segments du génome correspondent à un nouveau virus ; un membre putatif d'une nouvelle espèce du genre Quaranjavirus que nous avons provisoirement nommé Red mite quaranjavirus 1 (RMQV1). Pour étayer cette hypothèse, nous avons généré des informations évolutives basées sur l'analyse phylogénétique des protéines PB1 et NP de RMQV1 et de divers orthomyxovirus. L'arbre résultant indiquait clairement que RMQV1 était regroupé dans le clade des quaranjavirus (Fig. 8c). En résumé, un virome d'acarien rouge diversifié et complexe a été détecté et caractérisé pour D. gallinae, y compris de nouvelles espèces virales de plusieurs familles de virus, ayant des effets potentiellement importants sur la biologie et la santé de leurs hôtes. De futures études visant à déterminer les effets épidémiologiques, écologiques et vétérinaires de ces virus sont justifiées.

a Identifié les segments viraux et leurs abondances de gènes respectives dans les bibliothèques dérivées des stades de développement individuels de D. gallinae. UP protonymphes non nourris, FP nourris protonymphes, FD nourris deutonymphes. b Graphiques génomiques illustrant les segments du génome et les produits géniques prédits du quaranjavirus de l'acarien rouge 1. Les rectangles noirs indiquent les séquences codantes des ORF, les rectangles gris prédisent les protéines et les rectangles gris clair indiquent les coordonnées des domaines structurels ou fonctionnels. Les abréviations sont décrites dans le texte principal. (Panneau de droite) Valeurs d'expression pour les segments de quaranjavirus de l'acarien rouge identifiés. c Arbre phylogénétique à vraisemblance maximale basé sur l'alignement des protéines PB1 et NP prédites du quaranjavirus de l'acarien rouge 1 (astérisque) et des virus apparentés. Les étiquettes de branche représentent les valeurs de prise en charge de FastTree. La barre d'échelle représente les substitutions par site.

L'alimentation sanguine a évolué plusieurs fois chez Acari62. Les arthropodes hématophages présentent une capacité remarquable de protéolyse rapide du sang de l'hôte, qui est une source très riche en protéines (90 % de poids sec). Il a été suggéré que l'appareil hémoglobinolytique de leurs voies digestives était partagé entre les parasites hématophages phylogénétiquement apparentés et a été mis en évidence comme des cibles antiparasitaires prometteuses63. Bien que les tiques et les acariens dermanyssoïdes appartiennent au même ordre Acarina (classe Arachnida), et représentent tous deux des ectoparasites hématophages, les données obtenues ici appuient l'hypothèse de l'apparition indépendante de l'hématophage. Ceci est étayé par leurs nettes différences dans la machinerie protéolytique digestive. Alors que les tiques dures (I. ricinus) et molles (Ornithodoros moubata) dépendent de la cathepsine B comme principale peptidase hémoglobinolytique64, ce qui est également vrai pour les acariens65, nous n'avons identifié aucune protéase de type cathepsine B ou cathepsine C. transcrits dans les transcriptomes de D. gallinae (acariens Mesostigmata). L'appareil protéolytique de digestion du sang des acariens D. gallinae semble donc reposer principalement sur des protéases lysosomales acides (légumaine, cathepsine L et cathepsine D), qui représentent la majorité de toutes les lectures codant pour la protéase dans l'intestin moyen de D. gallinae adulte. Cette découverte confirme l'observation précédente, montrant une nette capacité de l'homogénat de D. gallinae à digérer l'hémoglobine à un pH acide, l'activité étant inhibée par l'E-64 et la pepstatine A, indiquant la participation de la cystéine et des protéases aspartiques66. La cathepsine L digestive de tique (IrCL1) est connue pour afficher des activités hémoglobinolytiques et albuminolytiques claires, avec un pic à pH 3,5, indiquant son mode de fonctionnement acide dans les vésicules endolysosomales des cellules intestinales de tique67. Il est donc raisonnable de supposer que l'engagement des protéases de la cathepsine L de D. gallinae pourrait servir dans le processus biologique analogue de digestion des protéines du sang de l'hôte, éventuellement également dans les lysosomes acides intracellulaires. De plus, les transcriptions de la cathepsine L5 et de la legumain 4 montrent une régulation à la hausse claire et spécifique de l'intestin moyen avec une alimentation sanguine similaire à celle des tiques68, indiquant leur implication directe dans la digestion des protéines sanguines de l'hôte. Cependant, une cartographie détaillée des activités protéolytiques présentes dans l'intestin moyen de D. gallinae, basée sur des substrats et des inhibiteurs spécifiques, reste un défi expérimental pour les recherches à venir dans le domaine. En résumé, après moins d'une heure d'alimentation sur l'hôte69, période pendant laquelle les acariens ont augmenté leur poids corporel d'environ dix fois70, une digestion rapide hors hôte a suivi. Chez l'acarien dermanyssoïde proche parent Ornithonyssus sylviarum, environ la moitié du contenu érythrocytaire imbibé a été digérée en 4 à 8 h71. À l'instar des tiques et des acariens acariformes72, les acariens parasitiformes hématophages (D. gallinae)66 semblent digérer le sang de l'hôte de manière intracellulaire, en utilisant un complexe multienzymatique d'enzymes protéolytiques endolysosomales principalement acides, mais ils sont dépourvus d'homologues de la cathepsine B et C.

Il est maintenant clair que les acariens D. gallinae codent pour la biosynthèse complète de l'hème. Pourtant, l'hétérogénéité des profils d'expression des transcrits individuels codant pour les enzymes biosynthétiques de l'hème n'identifie pas complètement à quel stade de développement la voie de biosynthèse pourrait être active, montrant très peu de schéma d'expression dépendant du stade de développement ou de l'état d'alimentation. La transcription codant pour la ferrochélatese, l'enzyme finale de la biosynthèse de l'hème, s'est avérée significativement enrichie dans l'intestin moyen, de la même manière que pour les tiques partiellement nourries73, ce qui soulève la question du besoin de cette enzyme dans cet espace et dans ce temps puisque le tissu est inondé par de grandes quantités de hème. Étant donné l'absence de dépôts d'hème dans les œufs de D. gallinae, l'hème acquis par la mère ne joue probablement pas un rôle clé dans l'embryogenèse et la reproduction, comme c'est le cas chez les tiques22. Ceci est également clairement mis en évidence par le manque de couleur des œufs déposés, qui contiennent des niveaux estimés inférieurs au picomol d'hème b par mg d'échantillon riche en œufs ; cela contraste fortement avec environ un nanomole d'hème b déposé dans les œufs de tiques22.

Comme pour les tiques74,75, D. gallinae semble contenir deux gènes de ferritine distincts qui codent pour les ferritines cytosoliques et sécrétées. L'expression de transcrits codant pour ces deux ferritines chez D. gallinae indique leur rôle clé dans l'homéostasie du fer dans leur intestin moyen. Nous supposons que la ferritine 1, possédant l'élément sensible au fer dans son 5 'UTR et dépourvue du peptide signal, fonctionne comme une protéine de stockage intracellulaire du fer. La ferritine sécrétoire 2, en revanche, a une séquence signal N-terminale claire, suggérant son rôle dans l'exportation de fer de l'intestin moyen et facilitant ainsi la distribution somatique du fer acquis dans l'intestin moyen similaire aux tiques et aux insectes75,76. Les deux ferritines de D. gallinae possèdent un centre ferroxydase di-fer conservé (facilitant l'oxydation rapide de Fe2+ à Fe3+), ainsi qu'un centre de nucléation ferrihydrite (favorisant la nucléation et le stockage de Fe3+) ; ceux-ci représentent des motifs de signature pour les ferritines à chaîne lourde (H) et à chaîne légère (L), respectivement. Ainsi, les ferritines de D. gallinae sont apparemment des hybrides de types H et L, de la même manière que démontré expérimentalement pour la ferritine de crustacé77 et rapporté pour les ferritines de tiques 1 et 278. Des études d'ARNi réalisées par d'autres ont démontré que les deux ferritines étaient essentielles à la survie et à la reproduction de Acariens D. gallinae79. La ferritine sécrétoire (appelée Dg-Fer1 dans cette étude) s'est également avérée être une cible puissante conférant une protection à médiation par anticorps contre les acariens D. gallinae chez les poules lorsqu'elle est utilisée comme antigène recombinant79. La source alimentaire de fer, chargeant à la fois la ferritine cytosolique et sécrétoire, n'est pas claire. Cependant, chez D. gallinae, étant donné l'absence de codage génétique pour l'oxygénase de l'hème, une enzyme libérant le fer de l'anneau porphyrine de l'hème, le pool de fer biodisponible est probablement acquis à partir de la transferrine du sang de l'hôte, comme déterminé expérimentalement pour les tiques22,80.

Les voies de détection et de signalisation immunitaires Toll et IMD, ainsi que les éliciteurs immunitaires, ont été reconstruits ici sur la base de la présence/absence d'homologues connus. Alors que nous pouvions exploiter la voie Toll complète, la voie Imd a été considérablement réduite, avec des composants clés manquants, tels que IMD et Relish. Les membres retenus identifiés chez les acariens D. gallinae, qui sont également intégrés dans la voie IMD des insectes, étaient Caspase (DREDD, Cysteine-dependent ASPartyl-specific proteASE) et Serine/Threonine Kinase (TAK1 et IKKβ). L'absence (non identifiée dans notre transcriptome, ni dans le génome avec un seuil Eval = 0,0001) d'un composant critique de la voie, le facteur de transcription Relish, indique la non-fonctionnalité de la voie IMD chez les acariens D. gallinae, similaire à les acariens phylogénétiquement apparentés, Varroa (Parasitiformes ; Eval coupé < 10e−3) et Metaseiulus (Acariformes)81. L'extraction du transcriptome de D. gallinae à la recherche de composants du système du complément primordial, représentés par des protéines contenant des thioesters, a révélé que cet acarien, à l'instar d'autres chélicères tels que les tiques, les araignées et même le limule51,52,82,83, possède tous les principaux groupes de TEP, à savoir l'α2-macroglobuline, le composant du complément de type C3, le TEP de type insecte et la macroglobuline liée au complément (MCR). Cependant, certains de ces groupes ont apparemment été perdus au cours de l'évolution, par exemple, les molécules de type C3 des Crustacés et des Hexapodes ou les α2M ​​de certaines lignées d'insectes comme les mouches des fruits ou les moustiques51. L'unique α2M trouvé dans le transcriptome de D. gallinae est diversifié dans la « région appât » par épissage alternatif, vraisemblablement pour étendre le portefeuille de protéases cibles inhibées par le mécanisme de piégeage moléculaire84, comme indiqué précédemment pour la tique α2Ms85,86.

Outre le saupoudrage de dioxyde de silicone, des antiparasitaires synthétisés chimiquement sont utilisés dans la ponte commerciale pour contrôler les populations d'acariens D. gallinae. La plupart des acaricides à succès commercial ciblent les canaux chlorure ioniques, ce qui conduit à la limitation ou à l'élimination des acariens D. gallinae dans les poulaillers87. En utilisant la micro-injection d'acaricides commerciaux sélectionnés en suspension dans du DMSO et une dilution ultérieure de 100 × avec du PBS stérile, nous avons évalué la survie dose-dépendante des acariens D. gallinae. Bien que nous ayons pu voir une létalité claire et dépendante du temps et de la dose des acariens après la micro-injection de Fluralaner et d'Ivermectine, de la même manière que dans les études précédentes exploitant une voie d'administration différente87,88, nous n'avons pas observé l'effet acaricide du fipronil administré par micro-injection. . Cette observation peut être conforme à la sensibilité plus faible et hétérogène précédemment rapportée des acariens D. gallinae à l'exposition topique à la solution de fipronil89. Bien que nous n'ayons aucune connaissance des canaux chlorure spécifiques à Acari, un nombre croissant de travaux est disponible sur les canaux chlorure sensibles au pH chez d'autres invertébrés. Fait intéressant, le canal chlorure sensible au pH de Bombyx mori est sensible à l'ivermectine, mais ne répond pas au fipronil90, ce qui rappelle nos données d'essais de viabilité lors de la microinjection d'agonistes. Cela peut suggérer que les canaux chlorure dépendants du pH pourraient être des cibles clés pour les agonistes des canaux comme l'ivermectine pour déclencher une activité acaricide.

D. gallinae est un ravageur mondial et très débilitant de la volaille. Avec les fondements séminaux récents17,26,91 pour sa compréhension moléculaire détaillée, de nouvelles cibles acaricides, éventuellement inhérentes aux acariens hématophages, pourraient être identifiées et validées. Ici, nous avons séquencé et assemblé de nouveaux transcriptomes de D. gallinae, comparant des acariens nourris au sang et non nourris, ainsi que des corps entiers et des intestins micro-disséqués. Ceux-ci représentent des ensembles de données informatifs clés permettant de mieux comprendre les adaptations moléculaires de cet ectoparasite à son mode de vie obligatoire d'alimentation sanguine. Il nous fournit également un catalogue de cibles potentielles adaptées au développement d'acaricides ciblés. Les séquences de contigs assemblés, les annotations et les valeurs d'expression respectives sont disponibles via une feuille Excel hyperliée conviviale en une seule pièce (voir Disponibilité des données). Contrairement aux études précédentes, notre travail basé sur l'ARN-seq est complété par des tests de viabilité effectués via la plateforme d'alimentation membranaire artificielle, la microinjection d'hémocèle, ainsi que par l'identification de métabolites par spectrométrie de masse. Enfin, nous avons identifié le virome à ARN spécifique de D. gallinae et mis en évidence les virus potentiellement préoccupants. Ce travail présente une évaluation intégrative des données d'origine Illumina assemblées et organisées, décrivant les traits moléculaires intrinsèquement liés au mode de vie hématophage de D. gallinae, et révèle son rôle émergent en tant que réservoir de nouvelles variantes virales.

Les acariens ont été collectés en brossant des cages de poules pondeuses dans l'International Poultry Testing Ustrasice (MTD Ustrasice, République tchèque). Les acariens ont été brièvement anesthésiés au CO2 à l'aide d'un FlyPad (Flystuff.com) et ont été séparés en trois stades de développement : protonymphes, deutonymphes et adultes. Les protonymphes ont ensuite été séparés en acariens non nourris et nourris au sang. Les intestins moyens ont été micro-disséqués à partir des stades adultes. Les acariens ont été placés sur un ruban adhésif double, face ventrale vers le bas, décapités avec un rasoir, et les intestins moyens ont été retirés dans une goutte de solution saline tamponnée au phosphate (PBS) traitée au diéthylpyrocarbonate (DEPC). Des acariens entiers de différents stades de développement (chacun n = 30) ont été homogénéisés avec un pilon eppi, et les intestins moyens (n ​​= 40) ont été homogénéisés à l'aide d'une aiguille de seringue à insuline de 29 G. L'ARN total a été extrait des homogénats avec un kit d'ARN NucleoSpin (Macherey Nagel) et élué dans de l'eau sans RNase, avec un rendement de 2 à 7 µg d'ARN total. Un bioanalyseur Agilent 2100 a évalué la qualité de l'ARN, avec des valeurs RIN ≥ 9. Une bibliothèque d'ADNc non brin a été préparée par le kit de préparation de bibliothèque d'ARN NEBNext® Ultra™ pour Illumina® et séquencée sur NovaSeq600 par Novagene Co., Ltd. à 150 pb lectures appariées.

L'assemblage du transcriptome et l'extraction de la séquence codante ont été effectués comme décrit précédemment92. En bref, les lectures ont été dépouillées de leurs amorces contaminantes et les bases avec des valeurs égales <20 ont été coupées à l'aide du programme Trim Galore (Krueger F. Trim Galore : un outil d'emballage autour de Cutadapt et FastQC. Trim Galore. 2012). Les lectures propres ont été assemblées à l'aide des assembleurs Abyss93 et ​​Trinity94. Ces assemblages ont été fusionnés à l'aide d'un pipeline parallélisé d'assembleur blastn et cap395 comme décrit précédemment96. Nous avons extrait tous les cadres de lecture ouverts supérieurs à 200 nucléotides, et ceux correspondant à des protéines connues ou ayant un peptide signal ont été retenus. Les séquences peptidiques et codantes résultantes ont été cartographiées sur une feuille de calcul hyperliée, y compris les correspondances blastp et rpsblast avec plusieurs bases de données, ainsi qu'une indication du peptide signal97, des domaines transmembranaires98 et des sites de O-galactosylation99. Les transcriptions attribuées à un stade de développement donné ont été filtrées par un facteur de changement de 16 fois, c'est-à-dire pour désigner une transcription "spécifique à l'adulte", ses valeurs FPKM étaient> 16 fois supérieures à ses valeurs FPKM dans le transcriptome de FP, et en même temps , dans le transcriptome des deutonymphes nourris (voir "Disponibilité des données"). Afin de répertorier les transcriptions enrichies dans le transcriptome de fed over UP, seules les transcriptions avec des annotations claires (valeur E < e-100), une couverture > 10 % et FPKM dans FP > 5 ont été prises en compte. Les transcriptions ont ensuite été répertoriées selon les ratios nourris/non nourris les plus élevés.

Nous avons préparé des échantillons d'ARN total, comme ci-dessus, dans 3 à 5 répétitions biologiques indépendantes. Trente acariens (corps entiers) ou mésogastres de quarante acariens adultes ont été utilisés pour les extractions d'ARN, produisant environ 1 μg d'ARN par extraction, à l'exception des échantillons d'adultes (corps entiers), qui ont donné environ 8 μg d'ARN par extraction. L'ADNc simple brin a été rétrotranscrit à partir de 0,2 µg d'ARN total à l'aide du kit de synthèse d'ADNc First Strand (Roche) avec des amorces oligo(dT)18. Pour la RT-qPCR, l'ADNc a été dilué 10 fois dans de l'eau sans nucléase, avec 10 pmol de chaque amorce, et exécuté dans une réaction de 10 μL dans des plaques à 384 puits (MicroAmp™ Optical 384-Well Reaction Plate, Thermo Fisher Scientific, USA) , en utilisant FastStart Universal SYBR Green Master (Rox) (Roche Life Sciences), dans le système de PCR en temps réel QuantStudio™ 6 Flex (Thermo Fisher Scientific, États-Unis). Les amorces utilisées dans cette étude sont répertoriées dans les tableaux supplémentaires S3, S4 et S7.

L'ensemble de données utilisé pour les analyses phylogénétiques des vitellogénines d'arthropodes consistait en 67 séquences d'acides aminés représentant des homologues de tiques, d'acariens, d'acariens, d'araignées, de scorpions, de limules, d'insectes et de crustacés, ce dernier étant un groupe extérieur (tableau supplémentaire S8). Les séquences de vitellogénine ont été récupérées sous forme d'entrées annotées GenBank ou ont été extraites des assemblages génome/transcriptome disponibles dans GenBank à l'aide de l'algorithme tBlastN et du seuil de valeur E < 10−5. Les hème-lipo-glycoprotéines structurellement similaires des tiques (par exemple, GenBank : ABK40086 et ACF35055) et leurs séquences de tiques associées annotées dans GenBank en tant que vitellogénines (par exemple, GenBank : AXP34688, BAJ21514, AXP34687, XP_029826448) n'ont pas été incluses dans l'analyse car ces les protéines ne sont pas de véritables homologues de la vitellogénine. Les séquences de vitellogénine ont été alignées dans MAFFT (v 7.017)100 implémenté dans Geneious Prime v2019.0.4101 en utilisant une sélection automatique de la stratégie d'alignement et des paramètres par défaut pour la pénalité d'ouverture d'écart (1,53) et la valeur de décalage (0,123). Nous avons coupé les régions non homologues de l'alignement, en utilisant GBlocks v0.91b102 sous les paramètres par défaut, sauf avec une longueur de bloc minimale définie sur 5 et avec la moitié des positions écartées autorisées, de sorte que l'alignement final comprenait 3578 positions d'acides aminés comprenant les trois domaines structurels typiques pour les vitellogénines (c'est-à-dire la région N-terminale de la vitellogénine, le domaine de fonction inconnue [DUF1943] et le domaine de type D du facteur von Willebrand). L'arbre phylogénétique a été reconstruit par la méthode du maximum de vraisemblance (ML) dans IQ-TREE v1.6.12103 en utilisant le modèle protéique LG + F + R6 sélectionné par ModelFinder104. Les bootstraps étaient basés sur 1000 répétitions. Une analyse d'inférence bayésienne (BI) a été réalisée dans MrBayes v3.2.7a105 implémenté dans CIPRES Science Gateway v3.3106 en utilisant quatre chaînes MCMC simultanées échantillonnées à des intervalles de 100 arbres et des probabilités a posteriori estimées à partir de 2 millions de générations. Le modèle d'évolution WAG + F + G4 a été sélectionné par ModelFinder. La période de rodage représentait 10 % de toutes les générations. L'arbre a été visualisé dans Geneious Prime v2019.0.4 et modifié graphiquement dans Adobe Illustrator CS5.

Pour l'analyse phylogénétique de la famille de gènes de canaux ioniques cys-loop ligand-gated, nous avons utilisé un ensemble de données composé de 121 séquences d'acides aminés qui correspondaient à l'ensemble de données de Dermauw et al.40 et ont été enrichis pour les homologues de D. gallinae (Supplementary Données S1). Les séquences extraites des entrées annotées GenBank ont ​​été alignées et traitées comme décrit ci-dessus pour l'ensemble de données vitellogénine. L'alignement final comprenait 502 positions d'acides aminés. L'arbre phylogénétique basé sur ML et ses supports nodaux ont été calculés à l'aide du modèle protéique LG + I + G4 tel que décrit pour les vitellogénines.

Pour l'analyse phylogénétique de la famille des protéines contenant des thioesters (TEP), l'ensemble de données contenait 29 séquences d'acides aminés des TEP de D. gallinae et de ses homologues invertébrés de la mouche des fruits D. melanogaster, de la tique dure I. ricinus et du limule. L. polyphemus (Fig. S8 supplémentaire). Les séquences ont été alignées et traitées comme décrit ci-dessus pour l'ensemble de données de vitellogénine. L'alignement final des séquences complètes d'acides aminés (~1500 résidus) comprenait 2737 positions d'acides aminés. L'arbre phylogénétique basé sur ML et ses supports nodaux ont été calculés à l'aide du modèle de protéine BLOSUM62 + G tel que décrit pour les vitellogénines.

Pour l'analyse métabolomique, les acariens collectés dans un poulailler par brossage ont été stockés dans une bouteille de 1 L avec un couvercle en papier à 21 ° C dans l'obscurité. Le lendemain, un mélange d'œufs, de larves et d'UP a été trié comme décrit ci-dessus. Ensuite, l'échantillon des stades non nourris (pour éviter la détection d'intermédiaires hèmes d'origine hôte), avec une fraction prédominante d'UP de 21,4 mg d'acariens, a été extrait avec 150 µL d'un milieu d'extraction froid, MeOH:ACN:H2O (2:2: 1 v/v/v), contenant un étalon interne, la 4-fluorophénylalanine (100 µL de 0,5 ng/µL). L'échantillon a ensuite été homogénéisé à l'aide d'un Tissue Lyser II (Qiagen, Prague, République tchèque) à 50 Hz, 0 ° C pendant 5 min. Le mélange a ensuite été centrifugé à 7 000 tr/min et 5 °C pendant 10 min, et le surnageant a été filtré à travers un filtre mini-spin PVDF de 0,2 μm (HPST, Prague, République tchèque) à 8 000 tr/min et 5 °C pendant 10 min. Enfin, une aliquote de 50 µL du surnageant a été utilisée pour l'analyse par chromatographie liquide et spectrométrie de masse à haute résolution (LC-HRMS). Les méthodes LC-HRMS ont été décrites en détail plus tôt107,108. En bref : le spectromètre de masse AQ Exactive Plus Orbitrap couplé à un chromatographe liquide Dionex Ultimate 3000 (tous Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA, USA) a été utilisé pour le profilage des intermédiaires de la biosynthèse de l'hème. Les métabolites ont été séparés sur un diamètre interne de 150 mm × 4,6 mm, 5 μm, SeQuant ZIC-pHILIC (Merck KGaA, Darmstadt, Allemagne) avec un débit de phase mobile de 450 μL/min, un volume d'injection de 5 μL et une température de colonne de 35 °C. La phase mobile était : A = acétonitrile, B = 20 mmol/L de carbonate d'ammonium aqueux (pH = 9,2 ; ajusté avec NH4OH) ; gradient : 0 min, 20 % B ; 20 min, 80 % B ; 20,1 min, 95 % B; 23,3 min, 95 % B ; 23,4 min, 20 % B; 30,0 min 20 % B. Les paramètres Q-Exactive étaient : Plage de masse 70–1000 Daltons ; Résolution de 70 000 (m/z 200 ; cible de contrôle automatique de gain (AGC) 3 × 106 et temps d'injection d'ions maximal (IT) 100 ms ; électrospray fonctionnant en mode positif : tension de pulvérisation de 3 000 kV, température capillaire de 350 °C, gaz de gaine à 60 °C au, gaz aux à 20 au, gaz de réserve à 1 au, température de la sonde 350 ° C et niveau de lentille S à 60 au Les données ont été traitées à l'aide du logiciel XcaliburTM, version 4.0 (Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA, USA). Composés utilisés dans l'étude : de l'eau déionisée a été préparée à l'aide d'un système de purification Direct Q 3UV (Merck, Prague, République tchèque). Le méthanol et l'acétonitrile (qualité OptimaTM) ont été achetés auprès de Fisher Scientific (Pardubice, République tchèque) ; carbonate d'ammonium, 25 % solution d'ammoniaque, 4-fluorophénylalanine, 5-aminolévulinate, hémine, porphobilinogène et protoporphyrine IX de Merck (Prague, République tchèque) La quantité d'hème a été estimée sur la base de la surface du pic de l'étalon.

Les acariens ont été collectés et stockés comme décrit ci-dessus. Après 14 jours, des individus vitaux ont été sélectionnés et utilisés pour des expériences d'alimentation ex vivo. L'unité d'alimentation était un cylindre en plastique (17 mm de diamètre, 70 mm de longueur) divisé horizontalement en deux chambres égales par une membrane (peau de Goldbeater imprégnée de silicone). La chambre supérieure contenait 2 ml de sang de poulet frais, défibriné (par mélange avec des billes de verre de 4 mm) additionné de l'inhibiteur Torin2 (Sigma-Aldrich, numéro de catalogue SML1224). La chambre inférieure du dispositif d'alimentation à membrane contenait les acariens. L'unité d'alimentation a été placée dans l'obscurité dans un incubateur réglé à 41°C. Après 5 h, les individus nourris ont été collectés et stockés dans des tubes de microcentrifugeuse de 1,5 mL (10 individus chacun) dans un incubateur réglé à 21 °C. La viabilité et la vitalité des acariens ont été surveillées toutes les 24 h pendant 7 jours. Torin2 a été dissous dans du DMSO et encore dilué aux concentrations finales : 500, 250, 100, 10 et 1 µM. Les stocks de DMSO ont été dilués dans le repas de sang à 1 % v/v de DMSO dans les repas de sang.

Les acariens ont été collectés comme décrit ci-dessus, et les femelles adultes fraîchement nourries ont été triées. Les acariens ont été immobilisés sur un ruban adhésif, et un volume de 13,8 nL de composé testé (≤1% v/v DMSO) a été microinjecté dans l'hémocèle de l'acarien (Drummond, USA). Après 10 min, les acariens injectés ont été collectés dans des tubes de microcentrifugeuse de 1,5 ml (5 individus dans 5 tubes eppi ou 8 individus dans 3 tubes eppi pour chaque concentration) et stockés dans l'incubateur réglé à 21 ° C. La viabilité et la vitalité des acariens ont été contrôlées toutes les 24 h pendant 7 jours. Composés utilisés dans l'étude : Fipronil (Sigma-Aldrich Supelco, numéro de catalogue 16785), Fluralaner (Cayman Chemical, numéro d'article 22061), Ivermectine (Sigma-Aldrich, numéro de catalogue I8898).

La découverte, la détection et la caractérisation des virus ont été mises en œuvre comme décrit ailleurs109. En bref, nous avons utilisé des assemblages de transcriptome générés dans ce travail comme entrée pour la découverte de virus. La version complète du NR des séquences de protéines virales a été extraite de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=txid10239[Organism:exp]. L'assemblage d'ARN d'acarien rouge intégré a été évalué par plusieurs recherches tBlastN (valeur E max = 1 × 10−5) en utilisant, comme sonde, les protéines virales non redondantes prédites complètes dans un serveur local. Les homologies significatives ont été criblées manuellement et les contigs redondants ont été éliminés. Les séquences potentielles de type viral ont été organisées par cartographie itérative des lectures à l'aide de Bowtie 2 v2.4.4110. Les cadres de lecture ouverts (ORF) ont été prédits par ORFfinder. Les protéines prédites ont été soumises à des recherches BlastP au NCBI et à des recherches Blast basées sur le domaine par rapport à la base de données de domaines conservés (CDD) v3.19 mise en œuvre dans https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml et complété par SMART http://smart.embl-heidelberg.de/, Pfam http://pfam.xfam.org/, PROSITE http://prosite.expasy.org/ et HHPred https://toolkit.tuebingen. mpg.de/tools/hhpred pour caractériser des domaines fonctionnels plus divergents. Les peptides signal et membranaires ont été évalués avec SignalP v4.1111. Les niveaux d'ARN viral ont été calculés avec Cufflinks http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/ ou alternativement avec la suite Geneious 8.1.9 (Biomatters Inc.) en tant que fragments par kilobase de transcription virale par million de lectures cartographiées (FPKM ). Les idées évolutives ont été résolues par les alignements MAFTT (v 7.310) 100 des séquences d'acides aminés des polymérases virales prédites ou des protéines de capside, qui ont été utilisées pour des analyses phylogénétiques basées sur FastTree approximativement des arbres phylogénétiques à probabilité maximale http://www.microbesonline.org/ fasttree/ avec des paramètres standards. La prise en charge des nœuds individuels a été évaluée à l'aide d'un test de rapport de vraisemblance approximatif avec la procédure de type Shimodaira-Hasegawa. La topologie des arbres, les valeurs de support et les substitutions par site étaient basées sur 1000 rééchantillonnages d'arbres. La plupart des résultats d'analyse de séquence ont été intégrés et visualisés à l'aide de la suite Geneious 8.1.9 (Biomatters Inc.). Les diagrammes du génome viral ont été conçus à l'aide d'Adobe Photoshop C3 version 10.

De plus amples informations sur la conception de la recherche sont disponibles dans le résumé des rapports sur le portefeuille Nature lié à cet article.

Les données sont disponibles sous le nom BioProject PRJNA597301, y compris les fichiers nt et aa fasta, et une feuille Excel avec un lien hypertexte est disponible en téléchargement sur https://proj-bip-prod-publicread.s3.amazonaws.com/transcriptome/Dermanyssus_gallinae/Derm_gallinae.zip . Les séquences virales ont été déposées au NCBI avec les numéros d'accès GenBank suivants :

RMACTV1-L,ON160022;RMACTV1-S,ON160023;RMQV1-HA,ON160024;RMQV1-NP,ON160025; RMQV1-PA,ON160026;RMQV1-PB1,ON160027;RMQV1-PB2,ON160028;RMDIV1,ON160029; RMIV1, ON160030;RMDEV1,ON160031;RMVLV1,ON160032;RMVLV2,ON160033;RMACYV1,ON160034;RMAHV1,ON160035.

Les données brutes utilisées pour générer la Fig. 4b ont été déposées dans le référentiel Figshare avec les DOI suivants : https://doi.org/10.6084/m9.figshare.22658317.v1, https://doi.org/10.6084/m9.figshare .22658338.v1, https://doi.org/10.6084/m9.figshare.22658386.v1, https://doi.org/10.6084/m9.figshare.22658458.v1.

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Ce travail a été principalement soutenu par le programme ZETA de l'Agence de technologie de la République tchèque accordant le numéro : TJ02000107 à JP, et en outre par la subvention de la Fondation tchèque pour la science nos 22-18424M à JP, 20-05736S et 21-08826S à PK, et par le "Centre de recherche sur la pathogénicité et la virulence des parasites" (n° CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000759) financé par le Fonds européen de développement régional (FEDER) et le ministère de l'Éducation, de la Jeunesse et des Sports (MEYS). Le JMCR a été soutenu par le programme de recherche intra-muros de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses (maladies à transmission vectorielle : biologie de la relation vecteur-hôte, Z01 AI000810-20). Ce travail a utilisé les ressources informatiques du cluster NIH HPC Biowulf (http://hpc.nih.gov). Nous remercions le Dr Martina Hajduskova (www.biographix.cz) pour la visualisation graphique. Nous sommes également reconnaissants pour les critiques constructives des examinateurs de manuscrits.

Ces auteurs ont contribué à parts égales : José M. Ribeiro, David Hartmann.

Laboratoire de recherche sur le paludisme et les vecteurs, Institut national des allergies et des maladies infectieuses, Bethesda, MD, États-Unis

José M. Ribeiro

Institut de parasitologie, Centre de biologie, Académie tchèque des sciences, 37005, České Budějovice, République tchèque

David Hartmann, Pavla Bartošová-Sojková, Martin Palus, Matěj Kučera, Ondřej Hajdušek, Daniel Sojka, Petr Kopáček et Jan Perner

Institut de pathologie végétale, Centre de recherche agricole, Institut national de technologie agricole (IPAVE-CIAP-INTA), Córdoba, Argentine

Débat Humberto

Institut d'entomologie, Centre de biologie, Académie tchèque des sciences, 37005, České Budějovice, République tchèque

Martin Moos et Petr Simek

Station internationale d'essais de volaille Ústrašice, Ústrašice, République tchèque

Jiří Fara

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Conceptualisation (DH, PK, JP), Méthodologie (JMR, DH, PBS, HD, MM, P.Š., JF, MP, MK), Validation (DH, PBS, MM), Analyse formelle (JMR, DH, PBS , HD, MM, OH, DS, PK, JP), Enquête (JMR, DH), Ressources (JMR, HD), Conservation des données (JMR, HD), Rédaction—Brouillon original (JP), Rédaction—Révision et édition ( JMR, DH, PBS, HD, MM, P.Š., OH, DS, PK, JP), Visualisation (JMR, DH, PBS, HD, MM, OH, DS, PK, JP), Administration de projet (JP) , Acquisition de financement (JMR, PK, JP).

Correspondance avec Jan Perner.

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

Communications Biology remercie Ben Mans, Han Xia et les autres examinateurs anonymes pour leur contribution à l'examen par les pairs de ce travail. Rédacteur en chef de la gestion principale : Luke R. Grinham.

Note de l'éditeur Springer Nature reste neutre en ce qui concerne les revendications juridictionnelles dans les cartes publiées et les affiliations institutionnelles.

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Réimpressions et autorisations

Ribeiro, JM, Hartmann, D, Bartosová-Sojková, P et al. Adaptations à l'alimentation sanguine et évaluation du virome de l'acarien rouge de la volaille Dermanyssus gallinae guidées par l'ARN-seq. Commun Biol 6, 517 (2023). https://doi.org/10.1038/s42003-023-04907-x

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Reçu : 20 mai 2022

Accepté : 03 mai 2023

Publié: 13 mai 2023

DOI : https://doi.org/10.1038/s42003-023-04907-x

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